لقد بيّن المسيح الموعود عليه السلام العديد من الأصول في التفسير، وقد اتّبعه الخلفاء وعلماء الجماعة في ذلك، وخصوصا الخليفة الثاني في التفسير الكبير، ويمكن استخلاص بعض هذه القواعد المتبعة في التفسير:
1: لا نسخ في القرآن ولا تعارض بين آياته وأحكامه.
2: الاهتمام بالمعنى السياقي، والنظر في مجموع الآيات، فالآيات قد رتَّبها الله تعالى كما هي في القرآن لحِكَم وأسرار عظيمة.
3: عِلْم أسباب النـزول ليس بذات بال، ومعظمه روايات لا تصحّ، أو روايات متعلقة بأحداث حصلت في الواقع، ولكنها لم تكن سببا في نـزول الآيات، بل الآيات تنطبق عليها. فالنص القرآني عام، والعبرة بعموم ألفاظه.
4: ردّ المتشابه إلى المحكم، أي أن نشرح الآية غير الواضحة في ضوء الآيات الواضحة، خصوصا إن كانت في نفس الموضوع أو في موضوع مشابه.
5: الإيمان بتنـزيه الله وعصمة الأنبياء والملائكة، لذا يجب شطب أي تفسير يسيء إلى أي نبيّ، ويجب إلغاءه حتى لو كانت ألفاظ الآية تحتمله، فالمعنى الذي يحتمله النص ويتصادم مع الأصول يُلغى. فمثلا: لا يجوز القول إن سليمان  قتل الخيول لمجرد غضب عابر، أو أن إبراهيم عليه السلام قد كذب.
6: أن يكون في القصة القرآنية عبرة وموعظة وفائدة. فإن كان التفسير لا يحمل أي عبرة، فلا يؤخذ به. فمثلا لا عبرة في حكم سليمان بشأن الزرع الذي أكلته المواشي، ولا يُبنى عليه أي حكم صحيح. ولا عبرة في غضب سليمان فقتل الخيل. ولا عبرة في قسم أيوب أن يضرب زوجته مائة سوط، ولا عبرة بالتحايل في تطبيق هذا الحكم.
7: أن لا يكون في التفسير ما يتعارض مع العدل والحق وأي حكم واضح في آية أخرى. فما حكم به سليمان في قصة النعاج حسب التفسير التقليدي فيه ظلم شديد، وما حكم به داود فيه ظلم أشد.
8: عدم تفسير الآية التي تحمل نفس الكلمات بطريقة تغاير الآيات التي تحمل نفس الكلمات: فلماذا يفسَّر تسخير الريح مع سليمان بطريقة مختلفة عن تسخير الشمس والقمر؟
9: أن نأخذ مختلف الاحتمالات الممكنة للنص إلا ما تعارض منها مع الأصول، أو مع آيات أخرى. فالنص القرآني يحمل الكثير من المعاني بكلمات محدودة العدد. وإذا تعارض المعنى الحقيقي للكلمة مع الأصول فلا بد من اللجوء إلى المعنى المجازي. كما يمكن أخذ المعنى الحقيقي والمجازي معا إن لم يتعارض أي منهما مع الأصول ومع آيات أخرى.
10: عدم تحميل اللفظة ما لا تحتمل من معانٍ لمجرد التدليل على فكرة تراها صحيحة. وفي هذا يبطل ما يسمى بالتفسير الباطني إن كان يُقصد به هذا النوع من التفسير. أما إن قُصد به أخذ مختلف المعاني الممكنة للكلمة، فهذا هو الواجب.